店舗が火災で全焼する、なんてこと想像したくもありませんが、
もちろん可能性はゼロとは言い切れません。
その万が一の際に金銭面を助けてくれるのが火災保険ですが、
皆さん加入されているでしょうか。

この火災保険、受け取った際には何に対する保険なのかに応じて税務上の扱いが違います。
店舗や家財の補償 → 損害額より多くても課税されない
棚卸資産の補填 → 事業所得の収入金額として計上される（課税される）

このように決まっておりますので、気を付けましょう。

では、災害に遭ってしまった場合はどのようになるでしょう。

法人の有する商品、店舗、事務所等の資産が災害により被害を受けた場合に、その被災に伴い次のような損失又は費用が生じたときには、その損失又は費用の額は損金の額に算入されます。
なお、事業を営む個人の有する事業用資産についても、同様となります。
1.商品や原材料等の棚卸資産、店舗や事務所等の固定資産などの資産が災害により滅失又は損壊した場合の損失の額
2.損壊した資産の取壊し又は除去のための費用の額
3.土砂その他の障害物の除去のための費用額
引用元：国税庁のサイトから一部抜粋

次に修繕費と資本的支出との区別については以下のとおりになります。

固定資産の修理、改良等のために支出した金額のうち、その固定資産の維持管理や原状回復のために要したと認められる部分の金額については、修繕費として損金算入が認められます。
ですが、その修理等が固定資産の使用可能期間を延長させたり価値を増加させるものである場合は、その延長及び増加させる部分に対応する金額については、資本的支出となります。

例えば、物理的に付け加えた部分の金額、改造や改装に直接要した金額、又は品質や性能の高いものに取り替えた場合の金額で通常の取替えの金額を超える部分の金額については、修繕費とはならず資本的支出となります。
この際、一つの修理等の金額が20万円未満の場合又はおおむね3年以内の期間を周期として行われる場合は、修繕費とすることができます。

判断が難しいところではありますが、判断するときは実質によって判定するようにしましょう。